Сюжет игры расскажет про вторжение на Землю механической формы жизни с другой планеты, которые без труда захватили планету с помощью несокрушимой военной мощи, заставив человечество сдаться в неминуемое рабство. Но не все пали духом, и среди остатков человеческой цивилизации зародилось сопротивление, ведущее войну с захватчиками. Хотя сюжет обоих игр взаимосвязан и переплетается, вам не обязательно играть в оригинальную Nier, так действие сиквела проходят в будущем.